Большое Янисъярви занимает чашу сильно эродированной ударной структуры диаметром около 14 км, возникшей примерно 700 млн лет назад. Импактиты — породы, преобразованные метеоритным ударом, — особенно заметны на небольших островах в центральной части озера и на юго-восточном берегу. Современный озёрный рельеф позднее перерабатывался ледниками.

По материалам NASA Earth Observatory.