Главным авторитетным академическим источником, в котором детально классифицируется происхождение Доложской пещеры, являются исследовательские материалы Российского государственного гидрометеорологического университета (РГГМУ), посвященные спелеологическим объектам Ленинградской области. Согласно этому источнику «Доложская культовая пещера» имеет следующее научное описание: Пещера относится к группе естественных пещер. Это принципиально отличает её от знаменитых Саблинских, Оредежских или Корповских пещер Ленинградской области, которые изначально являются искусственными штольнями (каменоломнями по добыче кварцевого песка).

В материалах РГГМУ она отнесена к классу экзогенных, подклассу суффозиогенных, типу суффозионных пещер. Полость заложена в пласте буро-жёлтых девонских песчаников у подножия речного обрыва.

В строгом научном смысле называть Доложскую пещеру классической «карстовой» не совсем корректно. Истинный карст — это химическое растворение горных пород (известняка, мела, мрамора или гипса). Песчаник же водой не растворяется. Доложская пещера образовалась за счет суффозии — длительного механического вымывания рыхлых песчинок подземным ключом (тем самым родником, который питает подземное озеро на дне пещеры). В геологии такие объекты относят к псевдокарсту (или суффозионному карсту). Тем не менее, суть остается неизменной: это результат работы природных сил (подземных вод), а не лопаты рудокопа.

Почему возникает путаница с «искусственностью»? Многие туристы считают её рукотворной из-за ровных сводов и религиозного прошлого. В том же документе РГГМУ этот момент проясняется историческим фактом: «Когда эта пещера была открыта, сказать сложно. По преданию, в XVIII веке здесь поселился отшельник, который и вырубил (расширил) своды данной пещеры».

Таким образом, изначальная полость и подземные галереи были промыты водой естественным путем (суффозией), но впоследствии человек приложил усилия, чтобы расширить и облагородить природные ходы для проживания и создания алтаря. Это делает её естественной пещерой со следами антропогенного вмешательства.

По материалам исследовательских материалов Российского государственного гидрометеорологического университета (РГГМУ).